Удержать в своих руках Анапу русские не могли, поэтому крепость была срыта, батареи взорваны, колодцы и рвы засыпаны, дома истреблены огнем.
По последовавшему вскоре Ясскому мирному договору Анапа была возвращена туркам, и они занялись ее немедленным восстановлением. В начале XIX в. она вновь стала центром работорговли.
В 1807 году в очередную русско-турецкую войну Александром I было дано указание истребить Анапу, это "гнездо хищников". На этот раз состоялся морской поход эскадры Черноморского флота под командой контр-адмирала С. А. Пустошкина. После сильнейшей канонады с моря и атаки десанта с суши турки бежали из крепости. И снова все было предано огню. Как писал один из историков прошлого века, повеление императора было исполнено: "...городские строения были обращены в пепел; колодцы, в числе 80-ти, завалены землею с порохом и солью и опущением в них чугунных пушек, ядер, бомб, негодной картечи и книппелей; все укрепления взорваны на воздух, и Анапа представляла одни развалины". Однако вскоре Анапа была передана туркам, и они вновь восстановили и заселили ее. Из 3 тысяч жителей, обосновавшихся в крепости, третью часть составляли турки, остальные были черкесами, армянами, греками.
В 1809 году русские сформировали десантный отряд, который овладел Анапой, но в 1812 году по Бухарестскому миру она опять была оставлена за Турцией.
12 июня 1828 года после полуторамесячной осады с. моря и суши Черноморским флотом под командованием А. С. Грейга и сухопутными войсками под руководством генерал- адъютанта А. С. Меньшикова русские вынудили турок сдать крепость с гарнизоном.
Через год по Адрианопольскому мирному договору Анапа окончательно вошла в состав России. В одной из турецких летописей того времени имелись такие строки: "Свыше 3 тысяч местных жителей, отрекшихся от ислама, пали под ятаганами янычаров у дворца анапского паши. Остальных погрузили на турецкие корабли. Люди в трюмах стояли так тесно, что никто из них не мог даже сесть... Перед уходом из Анапы воины ислама истребили все сады и виноградники, а колодцы забили овечьей шерстью и засыпали землей, чтобы русским не досталось ни домов, ни плодов земли, ни чистой воды, которой славилась Анапа. Когда турецкие суда ушли уже далеко в море, за их кормой еще долго багровело огненное зарево — это горела Анапа"...