В VI и VII вв. район Боспора находился в поле зрения Византии. Она держала в своих руках торговую монополию на Черном море. Византийские крепости были в Крыму и на Таманском полуострове. Лишь вторжение хазар в конце VII в. нанесло удар господству Византии. Что было на месте Анапы в это время, мы не знаем.
Нам известно, что в XIII в. Византия, потерявшая свои владения и ослабленная крестоносцами, предоставила Генуе, или Республике св. Георгия, свободу прохода через Босфор и фактически гегемонию на Черном море.
К середине XIV в. Республика св. Георгия заняла почти все побережье Крыма, вытеснив оттуда венецианцев. Моряки и торговцы Генуи оценили удобное местоположение Горгиппии и построили на ее развалинах свою крепость. На средневековых географических картах - на карте Висконти 1318 г., Каталонской и других -на том месте, где сейчас помещают Анапу, стоит название «Мапа».
Высказано много предположений о происхождении слова «Анапа». Некогда Лопатинский выводил его из черкесских слов «ане» - «стол» и «ппе» - нос», «конец». Он считал, что «анапе» - это «столообразный выступ берега». Действительно, между большой и малой бухтами Анапы имеется плоский выступ, так что предположение имеет основания. Новицкий выводил название «Анапа» из турецких слов «ана» - «мать» и «пай» - «доля». Академик Н. Я. Марр утверждал, что слово «Анапа» происходит из абхазского языка: «напэ» - «руки», «ап», «апа» - «боги». Недавно мне пришлось услышать другое толкование: название «Анапа» получилось в результате слияния предлога «ан», что значит «около», и Мапа. Таким образом, «Анапа» значит «поселок около Мапы». При соединении двух согласных одна из них выпала. Пока что единого мнения о происхождении названия города нет. Известно только, что так называли поселок еще до прихода турок. Древнее же имя «Горгиппия» было совсем забыто.
Сколько времени существовала генуэзская крепость? Нам известно только, что расцвет Республики св. Георгия приходился на XIII-XIV вв. и что с упадком морского могущества Генуи прекратили существование и ее посты в далеких странах.
При археологических раскопках средневековья Мапа прослеживается с большим трудом, так как поселок был небольшим, монументальные постройки отсутствовали, а скромные глинобитные дома не оставляют мощного культурного слоя.