В первые века новой эры происходили существенные изменения в духовной жизни боспорян. Утрачивали былое значение олимпийские боги, хотя в их честь по-прежнему строились храмы. Распространялись культы египетских божеств, римского бога Юпитера.
Особую популярность завоевал культ безымянного «бога высочайшего».
Боспорское государство приходило в упадок: города теряли былую славу и красоту, храмы и дворцы ветшали. Постоянные разорительные набеги варваров порождали чувство безнадежности. Многие жители пали духом и искали спасения или в старых забытых обрядах, или в новых верованиях. К числу последних относилось христианство. Новая религия привлекала своей таинственностью, необычностью и тем, что не делала различий между людьми по происхождению и благосостоянию.
В боспорских городах появились тайные общины первых христиан. Об этом свидетельствуют найденные украшения, надгробия, амулеты с христианскими символами. По преданию, среди причерноморских народов христианство проповедовал апостол Андрей Первозванный, за что был распят по приказу римских властей в греческом городе Патры. Однако, несмотря на гонения, новая религия распространялась.
В первой четверти IV в. н. э. на Боспоре уже существовала епархия во главе с епископом Кадмом. Первоначально она объединяла в церковном отношении весь Боспор. Но уже к VI в. появились и другие епархии, в том числе Зихская, которая сыграла большую роль в распространении христианского учения среди местных племен. Церковь выступала в Причерноморье главным хранителем греческого языка и образования.
Завершение христианизации Боспора произошло с вхождением его в состав Византии. Именно тогда были построены христианские храмы - базилики - в Пантикагхее и других городах.
К наиболее ранним сведениям о миссионерской деятельности на Северо-Западном Кавказе относится сказание о трудах среди «кавказо-меотических племен и в Колхиде» апостола Андрея Первозванного и апостола Матфея.
Основы общественной жизни, заложенные на Боспоре христианством, оказались достаточно прочными и сохранялись еще долгие годы.