В 1792 году черноморским казакам было предложено переселится на Кубань и занять нижнее течение этой реки. В то время было переселено больше четырнадцати тысяч человек, из которых больше семи тысяч мужчин.
Казаки заняли территорию в тридцать тысяч квадратных верст и в 1794 г. основали город Екатеринодар (ныне Краснодар) и 40 куренных поселков.
Казачье Войско несло постоянную сторожевую службу и охраняло границу от нападений адыгов.
Переселение продолжалось, и к 1801 году в войске было уже более тридцати двух тысяч человек. В 1808 году к черноморским казакам переселились пятьсот бывших запорожцев, ныне буджакских казаков, вернувшихся из Османской империи куда они ушли после разорения Запорожской Сечи. В период с 1809 - 1811 гг. было переселено еще свыше 23.000 казаков, в период 1821-1825 гг. еще 20.000 и последняя волна переселений произошла в период с 1845 - 1859 г. Всего на Кубань были переселены из Малороссии более ста тысяч человек, и к концу 1860 г. на территории казачьего войска уже находилось три города, одна немецкая колония, 63 куренных поселка и до 3.000 небольших хуторов.
В 1860 г. вместо черноморского и кавказского линейного войска были созданы кубанское и терское, к первому были причислены станицы "Старой" и "Новой" линии - значительная часть Кавказского линейного войска: полки Кубанский, Кавказский, Хоперский. Началась колонизация Закубанья, которой заведовал граф Н. И. Евдокимов. Сначала граф принуждал кубанских казаков к выселению на новые земли целыми станицами, но начавшиеся в войсках волнения принудили пойти на уступки и в дальнейшем переселение шло по собственной воле самих казаков.
За четыре года в верхней Кубани и Закубанье было основано 83 новых поселения, установилось земледелие.
В начале 1894 г. казачье войсковое население составляло 702.484 человек - 350.507 мужчин и 351.925 женщин, помимо этого на казачьей территории проживало около 500.000 человек населения не относившегося к казакам.