Музей в Новороссийске основан 7 июля 1916 г., по инициативе вице-губернатора Черноморской губернии Л.А.Сенько-Поповского, как музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа.
Торжественное открытие краеведческого музея состоялось 27 декабря 1916 г., но сама коллекция первых экспонатов появилась задолго до этого. До открытия, экспонаты хранились в городской библиотеке.
Во время Великой Отечественной войны музей и коллекции сильно пострадали - помещения были разрушены, фонды разграблены, погибла научная библиотека. В 1960 году благодаря усилиям сотрудников экспонаты музея были восстановлены и музей снова начал работать.
За прошедшие с тех пор годы, фонды музея значительно увеличились – сейчас они насчитывают более 150 тысяч музейных предметов основного фонда. Они дают полноценную и разностороннюю картину истории развития Новороссийска и района с момента первых поселений людей на этой территории до сегодняшнего дня.
Археологические коллекции насчитывают более 25 тыс. предметов и продолжают пополняться благодаря ежегодным археологическим экспедициям отдела археологии музея-заповедника.
В память о тяжелых военных годах в музее была создана диорама «Освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков 1943 г.». Основные экспозиции это: предметы этнографии и быта, археологические находки, оружие, фото, награды, реликвии военного времени, мемориальные вещи.
Имеется также мемориальная экспозиция под названием «Оружие и боевая техника периода Великой Отечественной войны», выставочный зал, командный пункт восемнадцатой армии и Новороссийской военно-морской базы, мемориальные комплексы, памятник-ансамбль «Малая земля»и «Дом-музей Островского».
Вещевой фонд насчитывает более 8 тыс. единиц хранения – предметы быта новороссийцев с конца прошлого века до наших дней. Это мебель и одежда, посуда и изделия декоративно-прикладного искусства. За прошедшие годы среди разных вещей сложились небольшие, но интересные коллекции: часов, самоваров, швейных машин, торговых весов, музыкальных инструментов и фотоаппаратов, стрелкового и холодного оружия.
Письменные источники – около 70 тыс. единиц составляют самый многочисленный фонд нашего музея. К особо ранним документам относятся архивы церкви Константиновского укрепления за 1861 – 66 г.г. и Николаевской соборной церкви за 1868 – 1910 г.г., полицейский архив за 1870 – 1907 г.г., документы Екатерининского почтового управления в Новороссийске за 1867 – 1868 г.г.
Сформировались коллекции документов по истории I русской революции, установления советской власти и гражданской войны, по всем проблемам и темам развития советского общества на местном материале. Самое большое собрание документального фонда – по истории Великой Отечественной войны. В нём материалы о многих частях и соединениях воевавших здесь, более 4тыс. персональных дел ветеранов, фронтовые письма, благодарности Верховного Главнокомандующего, комплекты военных газет «Новороссийский партизан», «На страже», «Красный Черноморец» и др. В фотофонде – подлинные фотографии фронтовых корреспондентов Е.Халдея, Н.Асниной, И.Кушнаренко.
В 1982 г. в городе был создан Государственный музей 18-й армии, в состав которого вошли мемориальные комплексы: «Героям гражданской войны и Великой Отечественной войны 1941 – 1945 гг.» и «Долина смерти».
28 октября 1987 г. принято решение о создании на базе музея истории города, музея 18-й армии и памятников, входящих в их состав, Новороссийского государственного исторического музея-заповедника, сейчас ГУК КК «Новороссийский исторический музей-заповедник».
В настоящее время Новороссийский исторический музей-заповедник - второй по величине музей Кубани, центр патриотического, эстетического и нравственного воспитания подрастающего поколения.
Кроме основной экспозиции «История города Новороссийска» (ул.Советов,58), в состав музея-заповедника входят: